Nacionalni Centar za markiranje životinja osnovan je 1993. u okviru Prirodnjačkog muzeja u Beogradu. Osnovni zadatak Centra je organizovanje praćenja i proučavanja kretanja životinja na lokalnom, regionalnom, kontinentalnom i međukontinentalnom nivou, primenom trajnih markera. Pored kustosa Muzeja, u radu Centra učestvuje i veliki broj spoljnih saradnika (profesionalni biolozi, amateri, ljubitelji prirode).
Jedna od najznačajnijih aktivnosti Centra je prikupljanje i obrada informacija o seobi ptica. U tu svrhu koristi se naučna metoda prstenovanja ptica, zasnovana na obeležavanju ptica trajnim markerima – prstenovima. Ponovni nalazi prstenovanih ptica, omogućavaju određivanje glavnih migratornih koridora, kako u Srbiji tako i na znatno širem području. Prstenovi su izrađeni od legure aluminijuma i na njima se nalaze serijski broj i ime centrale. U upotrebi je 11 različitih veličina prstenova koji odgovaraju različitim vrstama i veličinama ptica. Prstenovanje mogu obavljati samo obučeni prstenovači sa položenim odgovarajućim ispitom koji Centar organizuje jednom godišnje.
Iako se prstenovanje ptica obavlja kontinuirano cele godine, najintenzivnije je tokom prolećne i jesenje migracije. O prstenovanju ptica na teritoriji Srbije vodi se detaljna evidencija koja se odnosi kako na podatke o markiranju, tako i na njihove ponovne nalaze u inostranstvu. Evidentiraju se i sve nađene ili uhvaćene ptice na teritoriji Srbije koje nose prsten nekog drugog stranog Centra. Od 1993. do danas prstenovano je preko 15.000 ptica iz 218 vrsta, a obrađeno je više od 1.000 ponovnih nalaza. Svake godine Centar publikuje izveštaj o prstenovanim pticama i njihovim nalazima.
Od 1997. Centar je član Evropske unije za prstenovanje ptica (EURING – European Union for Bird Ringing), i shodno tome učestvuje i u nekoliko evropskih projekata prstenovanja ptica.
Markiranje slepih miševa krilnim markerima vrši se u Prirodnjačkom muzeju od 1954, a u okviru aktivnosti Centra od 1994. godine. Osim markiranja prikupljaju se i obrađuju morfometrijski podaci i informacije o nalazima markiranih slepih miševa, što omogućava sagledavanje bionomije i ekologije pojedinih vrsta i/ili populacija. Markeri za slepe miševe izrađeni su od legura aluminijuma i imaju oblik otvorenog cilindra (C oblik) sa nastavcima na slobodnim krajevima. U upotrebi su markeri 3 različite veličine. Svaki marker sadrži ime Centra, odn. Prirodnjačkog muzeja, seriju (A, B ili C) i identifikacioni broj markirane jedinke. Prstenovanje mogu obavljati samo obučeni prstenovači sa položenim odgovarajući ispitom koji podrazumeva identifikaciju vrsta slepih miševa, poznavanje bezbednog manipulisanja jedinkama i poznavanje tehnika i metoda markiranja slepih miševa, a takođe i poznavanje zakonskih osnova zaštite i očuvanja slepih miševa.
Markiranje se sprovodi tokom perioda kada su slepi miševi aktivni i najčešće van svojih skloništa kako bi se izbeglo uznemiravanje. Markiranje u periodu razmnožavanja se takođe izbegava. Vođenje evidencije o markiranim jedinkama i njihovim kasnijim nalazima vrši se na sličan način opisan za ptice. Godišnje se prosečno markira oko 400 primeraka.
Centar je referentan za uporedno proučavanje fosilizovanih odontoloških ostataka kičmenjaka. To su zubi prvenstveno krupnih i sitnih sisara, ali takođe i gmizavaca, vodozemaca i riba. Odontološki ostaci su najsigurniji pokazatelj pripadnosti određenoj vrsti, na osnovu čega se vrši i određivanje geološke starosti slojeva u kojima je fosil pronađen. Centar je 2007. godine osnovan u Prirodnjačkom muzeju, jer se u njegovim zbirkama nalazi većina primeraka fosilizovanih ostataka kičmenjaka koji su u doba tercijara i kvartara živeli u jugoistočnoj Evropi. Pored originalnih fosila ovde se nalaze i mulaži (kopije) fosila iz drugih zbirki. Materijal, kao i elektronska baza podataka koja se u Centru vodi, omogućavaju kompleksna istraživanja tercijarne i kvartarne faune kičmenjaka jugoistočne Evrope. Pored kontinuiranog rada kustosa i preparatora Muzeja, Centar organizuje i zajednički rad sa stručnjacima iz inostranstva.
Geonasleđe je reprezentativni uzorak geodiverziteta, odabran kao posebna geološka, geomorfološka i pedološka vrednost, sa aspekta naučnog, edukativnog, kulturnog i ekonomskog značaja.
Centar za zaštitu pokretnog fonda geonasleđa Srbije osnovan je u Prirodnjačkom muzeju 28. avgusta 2007. Preko rada Centra Muzej doprinosi zaštiti geonasleđa i afirmaciji geonauka. Očuvanje geoloških fenomena, kao jedinstvenih i neobnovljivih prirodnih resursa, podrazumeva i sveobuhvatna istraživanja, a zbirke Muzeja, koje su među najbogatijim i najstarijim u Srbiji, u tom procesu su od neprocenjivog značaja. U saradnji sa ostalim srodnim institucijama i nadležnim ministarstvima, Centar organizuje niz aktvnosti čiji rezultati treba da budu osnova za planiranje i sprovođenje zaštite geonasleđa Srbije. Među najvažnijim su: evidentiranje podataka o geološkom materijalu iz zbirki Prirodnjačkog muzeja, ali i drugih institucija koje se bave geološkim istraživanjima, kao i geoloških lokaliteta (nalazišta gde je materijal sakupljen); kategorizacija i procena stanja zbirki i nalazišta u prirodnom okruženju; razvoj metodologije u sistemu zaštite i formiranje mreže zaštićenih geoloških objekata; edukacija lokalnih zajednica o potrebi i značaju očuvanja geoloških prirodnih fenomena; saradnja sa relevantnim međunarodnim institucijama i pojedincima radi unapređenja geozaštite i razmene iskustava.
Odeljenje za geološku i biološku konzervaciju i taksidermiju, ustanovljeno kao takvo 2005. godine, u različitim oblicima organizacije i pod različitim imenima postoji od osnivanja Prirodnjačkog muzeja 1895. godine. Iako su vremenom tehnike rada osavremenjivane, muzološka, naučna i edukativna uloga Odeljenja, kao i osnovni poslovi, suštinski su ostali isti. Prvenstveni cilj ove grupe poslova je prepariranje i konzerviranje objekata iz prirode čime se omogućava njihovo trajno čuvanje kao muzejskih predmeta. Pored toga preparatori učestvuju i u prikupljanju materijala na terenu i brinu o održavanju i zaštiti zbirki. U okviru izložbene delatnosti izrađuju nove ili restauriraju već postojeće eksponate, prave kopije originalnih predmeta (mulaži), pripremaju materijal koji će biti izložen i učestvuju u svim fazama realizacije izložbe.