Generalni herbarijum Balkanskog poluostrva
Kolekcija spomenika prirode Beograda
Zbirka artropoda (bez insekata)
Studijska zbirka i zbirka eksponata vodozemaca
Studijska zbirka i zbirka eksponata gmizavaca
Osteološka zbirka recentnih vodozemaca i gmizavaca
Osteološka zbirka dr Milutina Radovanovića

Mikološka zbirka Prirodnjačkog muzeja, osnovana 1895, sa 14000 primeraka najveća je u Srbiji, a sadrži eksikate (osušene primerke) pečuraka i predstavnika ostalih gljiva sakupljanih tokom više od 100 godina. Najzastupljenije su gljive koje rastu u Srbiji, ali se u ovoj zbirci nalaze i primerci sa celog Balkanskog poluostrva, kao i iz raznih krajeva Sveta. Gljive koje su u XIX veku sakupili Velislav Vojinović i Nikola Ranojević prvi su primerci u Srbiji prikupljeni u naučne svrhe i od tog vremena zbirka se kontinuirano dopunjuje novim materijalom. Najveći broj primeraka, među kojima je i više po prvi put otkrivenih i za nauku opisanih vrsta, prikupio je Vojteh Lindtner, čuveni mikolog koji je radio dugi niz godina u Prirodnjačkom muzeju. Zbirka ima veliku muzeološku i naučnu vrednost, ne samo zbog obima i dugog trajanja, već prvenstveno jer predstavlja centar u kome se čuvaju podaci dragoceni za istraživanja prisustva, raznovrsnosti, rasprostranjenja i osobina gljiva i posebno o njihovoj ugroženosti.

Zbirka obuhvata primerke lišajeva koji su na području Balkana, ali i Švedske, Kenije i Antarktika, sakupljani krajem XIX veka do danas. Da bi se obezbedilo njihovo trajno čuvanje, primerci lišajeva se nakon prepariranja stavljaju u specijalne papirne koverte, kakvih je oko 9000 u Zbirci Muzeja. Pored muzeološkog, Zbirka ima i naučni značaj jer predstavlja najvažniju referencu u proučavanju diverziteta lišajeva u Srbiji. O tome svedoče mnogi naučni radovi koji su bazirani na podacima iz ove Zbirke. Nezamenljiva je takođe i za komparativnu analizu promena sastava i rasprostranjenja lišajeva u vremenu i prostoru.

Sa preko pola miliona primeraka, Generalni herbarijum Balkanskog poluostrva jedna je od najbogatijih i najvrednijih zbirki u Prirodnjačkom muzeju. Sa pravom nosi svoje ime ne samo zbog broja primeraka sakupljanih tokom više od jednog veka, već i zbog jedinstvenog i značajnog biogeografskog područja koje pokriva. Mada se osnovanje Muzeja 1895. smatra i vremenom zvaničnog početka formiranja herbarijumske zbirke, oko 200 primeraka potiče iz ranijeg perioda. Josif Pančić (1814-1888), otac srpske botanike, počeo je u Srbiji da sakuplja biljke pedesetak godina pre osnivanja Muzeja. Manji deo te Zbirke preuzet iz Velike škole bio je začetak onoga što Generalni herbarijum Balkanskog poluostrva danas predstavlja. Herbarski primerci svedoče o bogatstvu, raznovrsnosti, složenosti, istoriji i promenama flore Balkana, a Herbarijum predstavlja svojevrsnu bazu podataka o biljnom svetu ovog područja. Iako svaki primerak ima svoju naučnu i kulturnu vrednost, najdragoceniji su holotipovi vrsta koje su objavljene kao nove za nauku, kao i primerci endemičnih, reliktnih i retkih biljaka. Herbarijum je izvor informacija za mnogobrojne naučne radove, monografije, kataloge, magistarske i doktorske teze iz oblasti floristike, taksonomije, fitogeografije, fitocenologije i primenjenih bioloških nauka. Bio je osnova za izradu desetotomne edicije Flora SR Srbije (1970-1986), a od izuzetnog je značaja u pripremi novog višetomnog proširenog i dopunjenog izdanja edicije Flora Srbije. Ulogu u oblasti kulture i obrazovanja Herbarijum ostvaruje preko primeraka biljaka koji su eksponati na izložbama sa botaničkom ili biološkom tematikom.

Kolekcija spomenika prirode Beograda Beo 600.581.502.7 osnovana je 9. jula 1999. godine na inicijativu višeg kustosa mr Mile Karas kao studijska zbirka Prirodnjačkog muzeja. To je specifična zbirka ex situ predmeta prikupljenih prvenstveno na stablima Beograda zaštićenim kao prirodna dobra spomenici prirode, i podataka i in situ nalaza koji se na njih odnose. Sadrži 2.000 predmeta, 840 klasičnih i 2.000 digitalnih fotografija. U Kolekciji se, pored predmeta i nalaza sa zaštićenih stabala nalaze i herbarski uzorci i fotografije starih i retkih stabala sa teritorije Beograda koja nisu obuhvaćena zakonskom zaštitom. Prikupljanje ovih predmeta, fotografisanje i muzeološka obrada usmereni su na očuvanje starih i retkih predstavnika različitih drvenastih vrsta prisutnih na području Beograda. Na osnovu ovih istraživanja pripremaju se predlozi za njihovu zaštitu i popularizaciju beogradske dendroflore u edukativnim ciljnim grupama, medijima i javnosti.
Celokupan rad na Kolekciji spomenika prirode Beograda je interdisciplinarnog karaktera i odvija se u širem društvenom interesu. Osobenost ove zbirke je i to što svi predmeti i podaci sa prirodnih dobara in situ prelaze u kulturna dobra ex situ bez njihovog uništenja ili oštećenja. Rezultati rada na ovoj Kolekciji koriste se za muzeološki, naučni, kulturološki i edukativni rad.
Kolekcija ima prateći dokumentacioni materijal koji je rezultat obimnih istraživanja kustosa M. Karas na terenu, u dokumentaciji, arhivama i bibliografskoj građi. Na osnovu ovih istraživanja urađena je obimna prateća muzeološka dokumentacija i objavljen izvestan broj stručnih i naučnih radova u periodu 2003–2008. godine.

Zbirka je osnovana 2005. godine, realizacijom projekta «Zbirka voća - autohtono i gajeno voće rudničko-takovskog kraja». Do 2008. godine prikupljeno je preko 900 herbarskih uzoraka divljeg i gajenog voća šumadijskog kraja (delovi grana, list, cvet, plod u začetku) i sačinjena je baza fotodokumentacije karakterističnog voća koja broji preko 400 fotografija.
Ovom zbirkom je objedinjen koncept prirodnog, kulturnog, materijalnog i nematerijalnog nasleđa kao preventivna zaštita starih voćnih vrsta Šumadije i Srbije. Zbirka je nastala uz podršku Ministarstva poljoprivrede Republike Srbije sa ciljem preventivnog očuvanja i zaštite karakterističnih vrsta divljeg i gajenog voća Šumadije i Srbije, in situ i ex situ.
Zbirka ima naučni značaj, kao baza podataka o biodiverzitetu autohtonog i introdukovanog voća i sadrži koncept očuvanja genetičkih resursa voćne flore, koja se urbanizacijom i invazivnim razvojem poljoprivrede uništava. Proučavanjem zastupljenosti,rasprostranjenosti i učestalosti vrsta voća u određenim zajednicama i na određenim podlogama Zbirka voća ima i ekološki značaj.

Zbirka korova je osnovana 2005. i predstavlja pokušaj valorizacije svih dosadašnjih naučnih i stručnih saznanja o korovskim biljkama. Prikupljena je terenskim istraživanjima. Biljni materijal potiče pretežno iz Srbije. Zbirka se svake godine dopunjava novim biljnim vrstama tako da će u budućnosti predstavljati sve ukupnu korovsku floru Srbije. Sadrži preko 540 u potpunosti stručno muzeološki obrađenih herbarskih tabaka. Zbirka korova ima veliki stručni, naučni i praktični značaj, zato što se ove vrste brzo šire i zahvataju ogromne površine, a pred njima se povlače i tiho nestaju ugrožene autohtone biljne vrste.
Štete koje korovske biljke nanose čoveku i njegovim delatnostima su veoma velike, brojne i raznovrsne. Međutim, s obzirom da se korovi sreću na velikim prostranstvima, da su veoma zastupljeni i da se masovno javljaju, opravdano se postavlja pitanje mogućnosti njihovog korišćenja od strane čoveka. Korovske biljke mogu imati veoma raznovrsnu primenu.


Entomološka zbirka, u kojoj su zastupljene sve grupe insekata iz svih krajeva Sveta, sa preko 450000 primeraka, jedna je od najbogatijih i muzeološki najbolje obrađenih zbirki u Prirodnjačkom muzeju. Od osnovanja 1895, mada neujednačenim tempom, stalno se uvećava prvenstveno

Zbirka je osnovana 1895, a obuhvata ljušture (čvrste delove) tela puževa i školjki. Materijal najvećim delom potiče iz Srbije, ali i sa prostora jugoistočne Evrope. Zbirka obuhvata oko 70000 primeraka grupisanih u nekoliko manjih celina. Kao jedna od inicijalnih u muzejskom fondu, najznačajnija je Zbirka recentnih puževa i školjki Petra S. Pavlovića, čuvenog naučnika i prvog upravnika Muzeja. Najstariji primerci u ovoj jedinstvenoj zbirci potiču iz davne 1889. godine. Izuzetnu naučnu vrednost predstavlja tipski materijal za oko 100 sistematskih jedinica.

Zbirka sadrži nešto manje od 1000 primerke recentnih (savremenih) predstavnika repatih vodozemaca (Caudata) i bezrepih (Anura) sa prostora jugoslovenskih zemalja. Nastala je preuzimanjem zbirke Jestastveničkog kabineta Velike škole u periodu 1901-1903. Prikupljanje novih primeraka na terenu započelo je već narednih godina. U prvoj polovini XX veka intenzivnije je sakupljan materijal u Makedoniji, naročito tokom naučnoistraživačke ekspedicije u oblasti Ohridskog jezera koju je vodio akademik Milutin Radovanović, profesor Univerziteta u Beogradu. Tokom šezdesetih godina prošlog veka naročita pažnja bila je posvećena sakupljanju predstavnika iz onih grupa životinja koje nisu bile dovoljno zastupljene u fondovima Muzeja, gde su pripadali i vodozemci. Od 1996. godine broj primeraka je utrostručena, a posebna pažnja se poklonja vrstama koje u proteklih tridesetak godina nisu prinavljane.

U Zbirci, koja ima oko 500 primeraka, pored predstavnika recentnih (savremenih) gmizavaca sa Balkanskog poluostrva nalaze se i primerci pripadnika egzotične faune Azije i Australije, kao što su: krokodili, morske kornjače, varani i neevropske zmije. Začetak današnje Zbirke bili su primerci koji su u periodu 1901-1903. preuzeti iz Jestastveničkog kabineta Velike škole. Iako je prikupljanje novog materijala na terenu započelo već godinu dana kasnije, bilo je sve do 1996. sporo i nedovoljno, sa nešto značajnijim povećanjem tokom četrdesetih i šezdesetih godina prošlog veka. Akademik Milutin Radovanović, profesor Univerziteta u Beogradu, poklonio je primerake skeleta glave zmija (1932. godine izdvojeni u posebnu Osteološku zbirku), kao i materijal sakupljen u Makedoniji, prvenstveno na Ohridskom jezeru. U okviru obimnih istraživanja prirodnih vrednosti područja Đerdapa, pre početka izgradnje brane, sakupljen je i materijal za Zbirku gmizavaca. Od 1996. godine Zbirka je udvostručena, a naročito su značajni primerci onih vrsta koje nisu sakupljane tokom 30 i više godina (gekon: Hemidactylus turcicus, šumski gušter: Darevskia praticola ponticaa, živorodni gušter: Zootoca vivipara).
Od nekada izuzetno velike i raznovrsne grupe gmizavaca koja je vladala Zemljom, danas postoje samo 4 osnovne grupe: najveća Squamata (gušteri, zmije, amfisbene), zatim krokodili (Crocodylia) i kornjače (Testudines), i najmanja Sphenodontida.

U zbirci se nalaze delovi skeleta (kosti glave, trupa, udova) savremenih (recentnih) vodozemaca i gmizavaca (daždevnjaka, tritona, žaba, kornjača, guštera, zmija). Zbirka je osnovana 1985. godine. Veliku većinu zbirke čine primerci iz Srbije, Crne Gore, Makedonije i Dalmacije.

Zbirka je nastala 1932. godine kao legat akademika Milutina Radovanovića (1900-1968), kustosa Prirodnjačkog muzeja i dugogodišnjeg profesora Univerziteta u Beogradu. Čine je kosti skeleta glave 67 vrsta recentnih (savremenih) zmija sakupljenih na pet kontinenata. Najstariji primerak je skelet glave evropskog udava, Erix jaculus, sa ostrva Naksos (Grčka) uhvaćenog juna 1894. godine. Zbirka je nastala od materijala koji je M. Radovanović koristio za izradu doktorske teze u Jeni (Nemačka). Za uporednu analizu anatomskih karakteristika glave zmija M. Radovanović je izabrao 76 vrsta, do kojih je do danas u Zbirci sačuvano 67. Pored toga što je naučni dokaz za proveru rezultata I zaključaka u doktorskoj tezi M. Radovanovića, Zbirka ima muzeološki, istorijski i naučni značaj, naročito za filogenetska I evolutivna istraživanja ove grupe gmizavaca.

Ihtiološka zbirka, osnovna 1903, obuhvata oko 1000 primerake morskih i slatkovodnih riba sa područja jugoslovenskih zemalja, iz Jadranskog mora i Solunskog zaliva, koji su grupisani u tri posebne celine. U Istorijskoj zbirci nalaze se tečni preparati riba sakupljanih u periodu 1895-1996. Posebnu vrednost imaju primerci iz Solunskog zaliva (sakupljeni 1895) i oni koje je u periodu 1902-1910. u Dunavu i Savi ulovio Mihajlo

Iako je Zbirka osnovana 1895, intenzivno prikupljanje primeraka počelo je 1892. godine. Od ukupno 5600 primeraka, najveći broj potiče iz Srbije, Crne Gore i Makedonije, nešto manje iz drugih zemalja Balkanskog poluostrva, dok ih je iz udaljenih delova Evrope i Sveta (Azija, Afrika, Australija, Novi Zeland, Severna i Južna Amerika) najmanje. Priliv primeraka aktivnim sakupljanjem na terenu u današnje vreme je minimalan, jer je opstanak velikog broja vrsta ptica manje ili više ugrožen, a njihov broj u prirodi je smanjen. Stoga je rad kustosa prvenstveno usmeren na adekvatnu zaštitu u cilju očuvanja postojeće Zbirke koja obuhvata četiri celine: Istorijska zbirka (primerci iz nekadašnjeg Jestastveničkog kabineta Velike škole), Studijska zbirka (balgovi: ptice preparirane na način koji omogućava analizu morfoloških karakteristika u cilju naučne obrade), Montirani eksponati (taksidermijski preparati prvenstveno namenjeni izlaganju, ali i od značaja za naučna istraživanja), Zbirka jaja i gnezda (prvenstveno naučni značaj). Zbirka ptica u Prirodnjačkom muzeju jedna je od najbogatijih u jugoistočnoj Evropi i ima izuzetan naučni, muzeološki, kulturni, edukativni i istorijski značaj jer predstavlja dokumentovani prikaz bogatstva, sastava, raznovrsnosti i promena faune ptica u vremenu i prostoru.

Zbirke sisara Prirodnjačkog muzeja osnovane su 1895. godine, a čine ih primerci sakupljeni ne samo na Balkanskom poluostrvu i u Evropi, već i u Africi, Aziji, Severnoj i Južnoj Americi i Australiji. Obuhvataju blizu 10000 primeraka svrstanih u 6 posebnih zbirki, kao i Zbirku lovačkog oružja i pribora. Nastale su od malobrojne „Zbirke životinja“ Velike škole u Beogradu. Bogata Studijska zbirka sisara, kao referentni naučni materijal, od presudnog je značaja za analizu i vrednovanje faune sisara Srbije i Balkanskog poluostrva. Na osnovu podataka iz ove Zbirke urađena je lista faune sisara, kao i procene diverziteta, bionomija, rasprostranjenje i ekologija sisara različitih teritorijalnih jedinica, a pre svih Srbije. U Istorijskoj zbirci sisara nalaze se prvenstveno eksponati iz Velike škole, ali i ostali sakupljani u periodu od druge polovina XIX veka do II svetskog rata. Zbirka eksponata sisara sadrži taksidermijske preparate od velikog značaja za izložbenu delatnost Muzeja. Zbirku egzotičnih sisara čine preparati životinja vanevropskog porekla. Jugoslovenska zbirka trofeja obuhvata dobrim delom eksponate iz bivšeg Muzeja šumarstva i lova. To su trofeji različitog tipa koji potiču sa teritorije SFR Jugoslavije. Okosnicu Zbirke stranih lovačkih trofeja čine eksponati iz Zbirka Jevgenija Demidova-grofa San Donato, koji uglavnom potiču sa azijskog kontinenta, ali su zastupljeni i eksponati iz Afrike, Amerike i Australije. U Zbirci lovačkog oružja i lovačkog pribora, koja je takođe preuzeta iz Muzeja šumarstva i lova, nalaze se najrazličitiji predmeti, od primitivnih lukova i tobolaca sa strelama, preko oružja iz Srednjeg veka do modernog lovačkog oružja i pribora.